II Révolution (1789-1805)
Les décrets contre les établissements religieux pris par le gouvernement révolutionnaire à partir de 1789 obligent les maîtresses charitables à déclarer leurs biens mobiliers et immobiliers. La supérieure générale, Mère Aldebert, fait valoir que l’Institut n’est pas un ordre religieux, puisque ses membres ne font pas de vœux.
Le 25 juin 1790, une lourde contribution patriotique doit être versée. En 1791, la municipalité demande aux maîtresses de prêter serment de fidélité à l’Église constitutionnelle, ce qu’elles refusent.
Le 18 août 1792, l’Assemblée nationale législative supprime par décret les congrégations religieuses et séculières. L’Institut est dissous. La maison-mère est occupée par la section révolutionnaire dite de la Croix Rouge à partir du mois de juillet 1793. La chapelle et le Saint-Sacrement sont profanés, les religieuses dispersées. Les écoles sont détruites et plusieurs maîtresses emprisonnées.
Mère Aldebert part à Chirac, en Auvergne, où résident ses sœurs. Elle maintient le contact avec les maîtresses par correspondance, tandis que deux ou trois d’entre elles louent un petit appartement, non loin de la rue Saint-Maur, et continuent à catéchiser.
En 1793, la propriété de la maison-mère ne repose que sur une seule tête, celle de la Sœur Ménétrier, et non sur trois comme il avait toujours été pratiqué. Celle-ci se retire chez ses neveux, non loin de Paris, qui prétendent que la maison-mère est un bien personnel de leur tante. Ils la louent à plusieurs locataires. L’école d’apprentissage de l’hôtel de Prunelet est confisquée par la Convention et vendue comme bien national.